Wydział Organizacji i Budżetu odpowiada za całokształt spraw związanych z bieżącym funkcjonowaniem biura, zarówno pod względem administracyjnym jak i finansowym.

W skład wydziału wchodzą zarówno pracownicy administracyjno-techniczni odpowiedzialni za obsługę dyrekcji, korespondencji przychodzącej i wychodzącej oraz za prowadzenie podręcznego archiwum biura, jak i pracownicy merytoryczni odpowiedzialni za obsługę finansową biura, realizację planu zamówień publicznych, opracowywanie projektów oraz odpowiedzi na skargi i wnioski dotyczące działań Biura oraz współpracę krajową i międzynarodową. Ponadto WOiB obsługuje interesantów w sposób pośredni i bezpośredni, prowadzi sprawy socjalne oraz gospodarcze biura jak również sprawy polityki kadrowej Biura, w tym związane z analizą potrzeb kadrowych.

Pracownicy WOiB koordynują znaczącą ilość działań, takich jak nadzór nad stosowaniem w Biurze przepisów dotyczących ochrony danych osobowych, nadzór nad udostępnianiem informacji publicznej, przygotowywanie informacji o stanie kontroli zarządczej, prowadzenie spraw związanych z Systemem Zarządzania Jakością oraz wiele innych.

W ramach wydziału prowadzona jest również biblioteka zakładowa i obsługiwany jest system 19115.

Archiwum podręczne Biura Stołecznego Konserwatora Zabytków przechowuje w swoich zasobach dokumentacje prowadzonych postępowań a także opracowań wykonywanych na zlecenie biura.

Zasób ten obejmuje między innymi:

- akta spraw prowadzonych w biurze od 2001 r.

- wytyczne konserwatorskie do miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego,

- karty ewidencyjne zabytków architektury i budownictwa (informację o obiektach posiadających kartę ewidencyjną można odnaleźć na mapie http://www.smapa.um.warszawa.pl/mapaApp1/mapa?service=s_zabytki&L=pl&X=7502805.127594725&Y=5788955.369500488&S=2&O=0&T=0&komunikat=off  

Zbiory archiwalne udostępniane są wyłącznie na miejscu w Biurze Stołecznego Konserwatora Zabytków, na podstawie wypełnionego wniosku (link do wniosku) złożonego z kilkudniowym wyprzedzeniem. Korzystanie z zasobu archiwalnego może podlegać ograniczeniu ze względu na dodatkową ochronę prawną w zakresie ich udostępniania ze względu na interes obywatela i państwa ( m.in. ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. o ochronie danych osobowych (Dz. U. Nr 133 poz. 883).